Thèse de Christophe Vroland

Algorithmique pour la recherche de motifs approchée et application à la recherche de cibles de microARN

La recherche de motifs approchée consiste à identifier les occurrences d’un motif modulo une certaine distance au sein d’un texte. Ce problème trouve de nombreuses applications en bio-informatique pour l’analyse de séquences biologiques. Par exemple, les microARN sont des petits ARN qui régulent l’expression des gènes par reconnaissance d’un motif similaire. Comprendre le mode d’action des microARN demande de pouvoir localiser de courts motifs, environ 21 nucléotides, comprenant jusqu’à 3 ou 4 erreurs dans un texte de l’ordre de 108 à 109 nucléotides, représentant un génome. Dans cette thèse, nous proposons un algorithme efficace pour la recherche de motifs approchée, qui se base sur la définition d’un nouveau type de graines avec erreurs, les graines 01*0, et qui exploite une structure d’index compressée, le FM-index. Cet algorithme a été mis en œuvre dans un logiciel librement disponible, appelé Bwolo. Nous démontrons expérimentalement l’avantage de cette approche en nous comparant à l’état de l’art des outils existants. Nous montrons également comment utiliser Bwolo pour mettre en place une analyse originale sur l’étude de la distribution des cibles potentielles de miARN dans deux génomes de plantes, Arabidopsis thaliana et Arabidopsis lyrata.

Jury

Directeurs de Thèse : Touzet Hélène - Vincent Castric Co-encadrant : Salson Mikaël Rapporteurs : Blin Guillaume - Peterlongo Pierre Examinateur : Tenaillon Maud

Thèse de l'équipe Bonsai soutenue le 18 mai 2016

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