Recent projects / collaborations

ClinMine Project - 2014-2017

ANR project (ANR TECSAN - Technologie de la santé)

Main coordinator of the project - 7 partners - EA 1046 (Maladie d’Alzheimer et pathologies vasculaires Faculté de Médecine, Lille), EA 2694 (Centre d’Etudes et de Recherche en Informatique Médicale - Faculté de Médecine, Lille), MODAL (INRIA LNE), Alicante (Entreprise), CHRU de Montpelier, GHICL (Groupe Hospitalier de l’Institut CAtholique de Lille).

Web site of the project

Strat&Logic - 2012-...

This collaboration aims at optimizing decisions in a business game.
The PhD thesis of Sylvain DUFOURNY is realized in this context.

Alicante : Opcyclin project - 2010-...

In collaboration with Alicante, this project aims at optimizing inclusion of patients in clinical trials. Part of this work deals with the modeling and the implementation as a multi-objective optimization problem of a Pittsburgh classification rule mining algorithm adapted to large and imbalanced datasets, as encountered in hospital data.
The PhD thesis of Julie JACQUES was realized in this context.

Genes Diffusion - 2010-2013

In the context of genomic selection in animal breeding, an important objective consists in looking for explicative markers for a phenotype under study. The challenge of this work was to proposed a model, based on a small number of markers, in order to predict a quantitative trait. To deal with a high number of markers, we used combinatorial optimization to perform variable selection, associated with a multiple regression model in a first approach and a mixed model in a second one. The PhD thesis of Julie HAMON was realized in this context.


Past projects

  • Participation au projet ANR CHOC (Challenges on Combinatorial Optimization on Grids) (2006-2009) : en collaboration avec le Prism (Univ. of Versailles), MOAIS (INRIA Rhones-Alpes), GILCO (Grenoble).
  • Participation au PPF (Bioinformatics) (2006-2009) : Ce programme National au sein de l’Université de Lille I vise à proposer des méthodes d’optimisation combinatoire pour la résolution de problèmes de bio-informatique.
  • Participation et coordinatrice pour l'équipe à une ACI NanoScience (“Puces Nano3D”) (2004-2006) du ministère de la recherche, sur le design expérimental des puces, en collaboration de l’IEMN (Institut d’Electronique et de Microélectronique et de Nanotechnologie), de l’Institut de Biologie de Lille et de l’Institut Pasteur de Lille.
  • Participation à une ACI Masse de données (“GGM : Grille Geno Médicale”) (2004-2007) du ministère de la recherche, sur l’étude d’infrastructure de grilles pour la gestion et l’analyse de données géno-médicales.
  • Participation à un projet GENHOMME (“Plate-forme d’extraction de connaissances à partir de données hétérogènes d’intérêt pour les maladies cardio-vasculaires”) (2002-2003) du ministère de la recherche avec la société IT-OMICS.
  • Participation au projet NOMéBIO (“Nouvelles méthodologies Bioinformatiques pour les pathologies multifactorielles et pour la protéomique) (2001-2002) du Contrat Plan Etat Région (Génopole de Lille).
  • Participation au projet MOST (“Méthodologies pour l’Optimisation dans les Systèmes de Transport et de Télécommunications”) (2000-2003) de l’opération TACT du Contrat Plan Etat Région.
  • Porteuse d’un projet JEMSTIC (“Méthodes d’optimisation pour l’extraction de connaissances en génétique”), soutenu en 2001 et 2002 par le département STIC du CNRS.