Les puzzles du génome

Pour étudier un organisme vivant, le biologiste s’intéresse à son génome : cette séquence d'ADN est le support de l’information qui est la clé du développement et du fonctionnement de l’organisme. Imaginez un texte de taille colossale, de milliards de « lettres », qu'il faut décoder et interpréter.

Cela demande nécessite de nombreuses tâches qui font appel à l’informatique, comme par exemple dans l’assemblage de fragments d'ADN, la recherche de structures secondaires d'ARN, et la reconstruction d'« arbres phylogénétiques » entre des séquences de différentes espèces. Il faut concevoir et étudier des algorithmes efficaces, qui résolvent les problèmes combinatoires et permettent de mécaniser ces traitements. C'est le travail que mène Mathieu Giraud et ses collègues bioinformaticiens de l'équipe Bonsai, à Lille.

Faciles, moyens, puis difficiles, les puzzles du génome vous présenteront des problèmes combinatoires de plus en plus complexes et vous introduiront aux dernières recherches dans ce domaine. Trouverez-vous des bons algorithmes pour résoudre ces puzzles ?

l'assemblage d'ADN

Pour en savoir plus

Chercheurs itinérants (2011)

En octobre 2011, durant 8 demi-journées, les puzzles seront présentés dans des lycées du Nord-Pas-de-Calais, dans le cadre de l'opération Chercheurs itinérants.

  • L'atelier "puzzles" en lui-même dure de 30 à 45 minutes, pour 15 à 20 élèves au maximum.
  • Nous nous déplaçons pour minimum 2h (Lille métropole) ou 3h (ailleurs en Nord-Pas-de-Calais). La demi-journée peut être organisée ainsi:
    • formule préférable : présentation de 30 minutes (tous), puis deux ou trois ateliers successifs (en groupes de 15 à 20 élèves), puis éventuellement 20 minutes de conclusion (tous).
    • sinon, 2 ou 3 groupes à la suite, chacun dans le temps d'1h ou 1h30 de classe (inclaunt présentation et conclusion)

Les puzzles font écho à certaines notions abordées en Mathématiques et dans la future spécialité ISN, mais aussi à des notions abordées en SVT (cellule et ADN, hérédité, phylogénie). L'atelier est principalement à destination des classes de Terminale S, mais il peut aussi être proposé à des classes de 2nde ou de 1ère.

Les puzzles au Palais de la Découverte (2010)

Du 13 octobre au 12 décembre 2010, les chercheurs vous feront manipuler des puzzles au Palais de la Découverte, dans le cadre des séries « Un chercheur, une manip ». Des chercheurs et des médiateurs du Palais de la découverte seront présents tous les week-ends,tous les jours des vacances scolaires de la Toussaint, et les après-midis de tous les autres jours. Le Palais est fermé les lundis.

Crédits, contact

  • Ces puzzles s'appuient sur le travail réalisé à Rennes en 2005 (équipe Symbiose, IRISA, UMR CNRS 6074 Université Rennes 1, INRIA Rennes), à Lille en 2007 (équipe Sequoia/Bonsai, LIFL, UMR CNRS 8022 Université Lille 1, INRIA Lille), et lors de l'exposition au Palais de la Découverte en 2010.
  • Contact: Mathieu Giraud
CNRS LIFL Lille 1 IRISA LIFL
INRIA Palais de la decouverte