• Manycore high-performance computing in bioinformatics.
    J.-S. Varré, B. Schmidt, S. Janot and M. Giraud.
    Advances in Genomic Sequence Analysis and Pattern Discovery,
    ed. by L. Elnitski, H. Piontkivska, and L. Welch, Science, Engineering, and Biology Informatics - Vol. 7, 2011.
  • Recherche approximative de motifs dans des mots de taille fixe.
    T. T. Tran, M. Giraud, J.-S. Varré.
    Journées Algorithmique, combinatoire du texte et applications en bio-informatique, 2011.
  • Biomanycores, open-source parallel code for many-cores bioinformatics.
    J.-F. Berthelot, C. Deltel, M. Giraud, S. Janot, L. Jourdan, D. Lavenier, H. Touzet and J.-S. Varré.
    BOSC'11.
  • biomanycores.org: open-source parallel bioinformatics.
    J.-F. Berthelot, C. Deltel, M. Giraud, S. Janot, L. Jourdan, D. Lavenier, H. Touzet and J.-S. Varré.
    Journées Ouvertes en Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM 2011).
  • Biomanycores, a repository of interoperable open-source code for many-cores bioinformatics.
    J.-S. Varré, S. Janot and M. Giraud.
    BOSC'09.
    [slides]
  • Biomanycores, une bibliothèque open-source pour la bioinformatique massivement multi-coeurs.
    J.-S. Varré, S. Janot, and M. Giraud.
    Atelier "Côté Calcul", Journées Ouvertes en Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM 2009).
  • A Study of Genomic Rearrangements in Maize Mitochondrial Genomes.
    A. Darracq, J.-S. Varré, P. Touzet.
    Journées Ouvertes en Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM 2009)
  • Evolution of the mitochondrial genome in beet. A comparative genomic study at the intra-specific level.
    A. Darracq, J.-S. Varré, A. Courseaux, L Maréchal-Drouard, P. Touzet.
    XXth International Congress of Genetics, Berlin July 12-17, 2008.
  • Calcul de P-valeur efficace et exact pour un motif PWM.
    H. Touzet et J.-S. Varré.
    Journées algorithmique, combinatoire du texte et applications en bio-informatique, 2007.
    [slides]
  • Studying tumor genome architectures using genome rearrangement theory on End-Sequence Profiling data.
    J.-S. Varré.
    ACI VicAnne/ARC MOCA worshop, 2006.
    [slides]
  • Algorithmes pour la comparaison de génomes et la recherche de signaux cis-régulateurs.
    Habilitation à Diriger des Recherches, 2008.
    [PDF]
  • Concepts et algorithmes pour la comparaison de séquences génétiques : une approche informationnelle.
    PhD thesis, 2000.
  • Distances basées sur des notions de compression de données et application à la phylogénie.
    MSc thesis, 1996.
31/8/2016 Jean-Stéphane Varré