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Bonsai team

Algorithms for large-scale sequence analysis

Leader: Hélène Touzet

PRESENTATION MEMBERS THESES PUBLICATIONS

Presentation

The objective of BONSAI is to develop better algorithms and models for biological sequence analysis. This includes the following topics: genome annotation, high throughput sequencing, metagenomics, gene structure, genome structure, noncoding RNA, non ribosomal peptides. From a methodological viewpoint, this research is based on a strong background coming from discrete algorithms, such as stringology and graph theory, index data structures. It also finds its expression in the development of open source software and validation of biological data.

Quentin Bonenfant

Algorithmes bioinformatiques pour l'analyse de données de séquençage de troisième génération

Pierre Marijon

Décrypter les graphes d'assemblage pour une meilleure compréhension des génomes séquencés

Chadi Saad

Caractérisation des erreurs de séquençage non aléatoires, application aux mosaïques et tumeurs hétérogènes 2018-09-26

Tatiana Rocher

Compressing and Indexing labeled sequences 2018-02-12

Pierre Pericard

Algorithms for conserved markers sequences reconstruction in metagenomics data 2017-10-27

Léa Siegwald

Solutions d'amélioration des études de métagénomique ciblée 2017-03-23

Yoann Dufresne

Algorithmique pour l'annotation automatique de Peptides Non Ribosomiques 2016-12-01

Christophe Vroland

Algorithmique pour la recherche de motifs approchée et application à la recherche de cibles de microARN 2016-05-18

Mathieu Giraud

Counting white blood cells, analyzing music scores 2016-03-30

Maude Pupin

Computational biology for nonribosomal peptides and their synthetases 2013-12-03

Jean-Stéphane Varré

Algorithmes pour la comparaison de génomes et la recherche de signaux cis-régulateurs 2008-12-04

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