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Bonsai team

Algorithms for large-scale sequence analysis

Leader: Hélène Touzet

PRESENTATION MEMBERS THESES PUBLICATIONS

Presentation

The objective of BONSAI is to develop better algorithms and models for biological sequence analysis. This includes the following topics: genome annotation, high throughput sequencing, metagenomics, gene structure, genome structure, noncoding RNA, non ribosomal peptides. From a methodological viewpoint, this research is based on a strong background coming from discrete algorithms, such as stringology and graph theory, index data structures. It also finds its expression in the development of open source software and validation of biological data.

Members

Permanent

  • Professor
    • Jean-Stéphane Varré
  • Research director
    • Hélène Touzet (Responsable)
  • Associate professors
    • Stéphane Janot
    • Laurent Noé
    • Maude Pupin
    • Mikael Salson
  • Research scientists
    • Samuel Blanquart
    • Rayan Chikhi
    • Mathieu Giraud
  • Engineer
    • Areski Flissi

Temporary

  • Phd students
    • Pierre Marijon
    • Tatiana Rocher
    • Chadi Saad
  • Engineers
    • Anaïs Barray
    • Aurélien Béliard
    • Loïc Couderc
    • Isabelle Guigon
    • Ryan Herbert
  • Other
    • Ambre Thomas

Pierre Marijon

Décrypter les graphes d'assemblae pour une meilleure compréhension des génomes séquencés

Pierre Pericard

Développement d'algorithmes rapides et précis pour l'assignation taxonomique d'échantillons métagénomiques

Tatiana Rocher

Indexation de réarrangements de lymphoïdes VDJ pour le suivi de la leucémie

Chadi Saad

Caractérisation des erreurs de séquençage non aléatoires, application aux mosaïques et tumeurs hétérogènes

Léa Siegwald

Solutions d'amélioration des études de métagénomique ciblée 2017-03-23

Yoann Dufresne

Algorithmique pour l'annotation automatique de Peptides Non Ribosomiques 2016-12-01

Christophe Vroland

Algorithmique pour la recherche de motifs approchée et application à la recherche de cibles de microARN 2016-05-18

Evguenia Kopylova

Algorithmes bio-informatique pour l'analyse de données de séquençage à haut débit 2013-12-11

Tuan Tu Tran

Comparaisons de séquences biologiques sur architecture massivement multi-coeurs 2012-12-21

Azadeh Saffarian

Prediction and pattern matching algorithms for RNA multi-structures 2011-11-16

Marta Girdea

De nouvelles méthodes pour l'alignement des séquences biologiques 2010-12-10

Aude Darracq

Evolution des génomes mitochondriaux de plantes : Approche de génomique comparative chez Zea mays et Beta vulgaris 2010-07-12

Ségolène Caboche

Mise en place d'une plate-forme logicielle pour l'analyse des peptides non-ribosomiaux. 2009-09-08

Arnaud Fontaine

Classification d'ARN codants et d'ARN non-codants 2009-03-30

Aude Liefooghe

Matrices score-position, algorithmes et propriétés 2008-07-04

Mathieu Giraud

Counting white blood cells, analyzing music scores 2016-03-30

Maude Pupin

Computational biology for nonribosomal peptides and their synthetases 2013-12-03

Jean-Stéphane Varré

Algorithmes pour la comparaison de génomes et la recherche de signaux cis-régulateurs 2008-12-04

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