info5b02 - Analyse de séquences

Nombre de crédits

5

Pré-requis

Parcours

• spécialité professionnelle bioinformatique de la mention informatique du master

Objectifs

Cette UE propose un panorama général des algorithmes utilisés dans les logiciels courants de bioinformatique : analyse de séquences d'ADN, d'ARN et de protéines.

Organisation

Volume de travail personnel étudiant estimé

Contrôle et validation des connaissances

Description du contenu

• Recherche d'homologies : programmation dynamique avec les algorithmes d'alignement de Needleman & Wunsch, Smith & Waterman, BLAST
• Recherche de régularités structurelles : motifs exacts (arbre des suffixes, Boyer-Moore, shift-or), approchés (profils, modèles de Markov cachés...), recherches de répétitions, expressions régulières (Prosite)
• Prédiction de gènes (procaryotes et eucaryotes)
• Alignement multiple : complexité du problème et heuristiques (ClustalW, Dialign)
• Prédiction de structures: ARN (minimisation d'énergie et approche phylogénique), protéines (approches stastistiques, threading, réseaux neuronaux)
• Les modèles de Markov et leur applications : modélisation des séquences, HMM pour l'alignement multiple,
• Phylogénie

La moitié des séances T est consacrée à la programmation des méthodes abordées (langages C, Java et Perl).

Responsable(s)

Hélène Touzet, Jean-Stéphane Varré

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