info5b05 - Bioanalyse
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Nombre de crédits
- 5
- Pré-requis
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- Parcours
- spécialité professionnelle bioinformatique de la mention
informatique du master
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Objectifs
- Cette UE présente les logiciels d'application usuels en les
restituant dans leur contexte biologique. Le but est de faire de
l'étudiant un utilisateur averti : limites de la méthode,
interprétation des scores, robustesse des résultats.
- Organisation
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- Volume de travail personnel étudiant estimé
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- Contrôle et validation des connaissances
- Description du contenu
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Banques de données
- Les principales banques de données
biologiques sont présentées à travers la description de leur
contenu, ainsi que la présentation des logiciels spécifiques
d'interrogation (SRS et Entrez).
- Comparaison de séquences
- Toutes les techniques sont
abordées : les dotplots, l'alignement 2 à 2 avec l'évaluation de
la pertinence biologique de leurs scores et l'utilisation
experte des paramètres des programmes (insertion de blancs,
différences entre les séquences nucléotidiques et protéiques),
l'alignement multiple.
- Annotation de séquences
- Les outils d'analyse des séquences
brutes d'ADN et de protéines sont manipulés : prédiction de
gènes, recherche de sites de régulation, fonction des protéines.
La prédiction des structures d'ARN et de protéines est également
étudiée.
- Responsable(s)
- Maude Pupin
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