MSV : Modélisation pour les Sciences du Vivant

Équipe Bonsai

Algorithms for large-scale sequence analysis

Responsable: Hélène Touzet

PRÉSENTATION MEMBRES THÈSES PUBLICATIONS

Présentation

L'objectif principal de l'équipe BONSAI est de développer des algorithmes et des modèles pour l'analyse des séquences biologiques. Cela comprend les domaines d'application suivants : l'annotation des génomes, l'analyse des données de séquençage à haut débit, la métagénomique, la structure des gènes et des génomes, les ARN non-codants, les peptides non ribosomiques. Les méthodes employées viennent de l'algorithmique discrète, empruntant à l'algorithmique du texte, la théorie des graphes, les structures d'index... Ce travail se matérialise par la diffusion de logiciels libres, et la validation sur des données biologiques.

Membres

Permanents

  • Professeur
    • Jean-Stéphane Varré
  • Directeur de recherche
    • Hélène Touzet (Responsable)
  • Maîtres de conférences
    • Stéphane Janot
    • Laurent Noé
    • Maude Pupin
    • Mikael Salson
  • Chargés de recherche
    • Samuel Blanquart
    • Rayan Chikhi
    • Mathieu Giraud
  • Ingénieur
    • Areski Flissi

Non permanents

  • Doctorants
    • Pierre Marijon
    • Tatiana Rocher
    • Chadi Saad
  • Ingénieurs
    • Anaïs Barray
    • Aurélien Béliard
    • Loïc Couderc
    • Isabelle Guigon
    • Ryan Herbert
  • Autres
    • Alexis Dupuis
    • Lucas Gréaux
    • Ambre Thomas
    • Florian Vanhems
    • Téo Vasseur

Pierre Marijon

Décrypter les graphes d'assemblae pour une meilleure compréhension des génomes séquencés

Pierre Pericard

Développement d'algorithmes rapides et précis pour l'assignation taxonomique d'échantillons métagénomiques

Tatiana Rocher

Indexation de réarrangements de lymphoïdes VDJ pour le suivi de la leucémie

Chadi Saad

Caractérisation des erreurs de séquençage non aléatoires, application aux mosaïques et tumeurs hétérogènes

Léa Siegwald

Développement d'un pipeline intégrant des approches d'analyse innovantes et des statistiques multivariées pour la métagénomique par séquençage haut-débit

Yoann Dufresne

Algorithmique pour l'annotation automatique de Peptides Non Ribosomiques 2016-12-01

Christophe Vroland

Algorithmique pour la recherche de motifs approchée et application à la recherche de cibles de microARN 2016-05-18

Evguenia Kopylova

Algorithmes bio informatique pour l'analyse de données de séquencage à haut débit 2013-12-11

Tuan Tu Tran

Comparaisons de séquences biologiques sur architecture massivement multi-coeurs 2012-12-21

Azadeh Saffarian

Algorithmes de prédiction et de recherche de multi-structures d'ARN 2011-11-16

Marta Girdea

De nouvelles méthodes pour l'alignement des séquences biologiques 2010-12-10

Aude Darracq

Evolution des génomes mitochondriaux de plantes : Approche de génomique comparative chez Zea mays et Beta vulgaris 2010-07-12

Ségolène Caboche

Mise en place d'une plate-forme logicielle pour l'analyse des peptides non-ribosomiaux. 2009-09-08

Arnaud Fontaine

Classification d'ARN codants et d'ARN non-codants 2009-03-30

Aude Liefooghe

Matrices score-position, algorithmes et propriétés 2008-07-04

Mathieu Giraud

Compter les globules blancs, analyser les partitions 2016-03-30

Maude Pupin

Modèles bio-informatiques pour les peptides non-ribosomiques et leurs synthétases 2013-12-03

Jean-Stéphane Varré

Algorithmes pour la comparaison de génomes et la recherche de signaux cis-régulateurs 2008-12-04

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