MSV : Modélisation pour les Sciences du Vivant

Équipe Bonsai

Algorithms for large-scale sequence analysis

Responsable: Hélène Touzet

PRÉSENTATION MEMBRES THÈSES PUBLICATIONS

Présentation

L'objectif principal de l'équipe BONSAI est de développer des algorithmes et des modèles pour l'analyse des séquences biologiques. Cela comprend les domaines d'application suivants : l'annotation des génomes, l'analyse des données de séquençage à haut débit, la métagénomique, la structure des gènes et des génomes, les ARN non-codants, les peptides non ribosomiques. Les méthodes employées viennent de l'algorithmique discrète, empruntant à l'algorithmique du texte, la théorie des graphes, les structures d'index... Ce travail se matérialise par la diffusion de logiciels libres, et la validation sur des données biologiques.

Quentin Bonenfant

Algorithmes bioinformatiques pour l'analyse de données de séquençage de troisième génération

Pierre Marijon

Décrypter les graphes d'assemblage pour une meilleure compréhension des génomes séquencés

Chadi Saad

Caractérisation des erreurs de séquençage non aléatoires, application aux mosaïques et tumeurs hétérogènes 2018-09-26

Tatiana Rocher

Compression et Indexation de séquences annotées 2018-02-12

Pierre Pericard

Algorithmes pour la reconstruction de séquences de marqueurs conservés dans des données de métagénomique 2017-10-27

Léa Siegwald

Solutions d'amélioration des études de métagénomique ciblée 2017-03-23

Yoann Dufresne

Algorithmique pour l'annotation automatique de Peptides Non Ribosomiques 2016-12-01

Christophe Vroland

Algorithmique pour la recherche de motifs approchée et application à la recherche de cibles de microARN 2016-05-18

Mathieu Giraud

Compter les globules blancs, analyser les partitions 2016-03-30

Maude Pupin

Modèles bio-informatiques pour les peptides non-ribosomiques et leurs synthétases 2013-12-03

Jean-Stéphane Varré

Algorithmes pour la comparaison de génomes et la recherche de signaux cis-régulateurs 2008-12-04

Les autres équipes de ' MSV : Modélisation pour les Sciences du Vivant '

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