MSV : Modélisation pour les Sciences du Vivant

Équipe Bonsai

Algorithms for large-scale sequence analysis

Responsable: Mikael Salson

PRÉSENTATION MEMBRES THÈSES PUBLICATIONS

Présentation

L’équipe BONSAI développe des algorithmes et des modèles pour l’analyse de séquences biologiques. Cela comprend les domaines d’application suivants : annotation des génomes, analyse des données de séquençage à haut débit pour la génomique, la transcriptomique, la métagénomique et la pangénomique, structure des gènes et des génomes, peptides non ribosomiques, paléoprotéomique.

Les méthodes développées relèvent de l’algorithmique discrète et s’appuient sur l’algorithmique du texte, la théorie des graphes, les structures d’index … Ce travail se matérialise par la diffusion de logiciels libres et la conduite de collaborations en biologie, santé et environnement.

Membres

Permanents

Non permanents

Karl Baltazart

Algorithmes bioinformatiques et modèles évolutifs pour la paléoprotéomique

Thomas Baudeau

Méthodes de mapping pour de nouvelles données de reads longs permettant l'identification de structure

Pierre Guyomard

Elaboration d'un algorithme de comparaison de structures de biomolécules basé sur des caractéristiques chimiques et biologiques

Lilian Marchand

Méthodes pour la reconstruction du répertoire des transcrits d'un gène à partir de données RNA-seq de 3ème génération

Igor Martayan

Représentation d'ensemble de k-mers préservant la localité

Léa Vandamme

Structures de données efficaces pour l'indexation des séquences de troisième génération

Les autres équipes du groupe thématique ' MSV '

BioComputing