le 18 décembre 2025 à 14:00
Towards a more realistic analysis of algorithms
Impossibilité de refaire notre propre analyse, incapacité à réexécuter une analyse décrite dans un article récent : nous avons tous été confrontés à des problèmes de reproductibilité computationnelle. Il y a dix ans, la communauté bioinformatique a dû faire face à la “crise de la reproductibilité” et a été pionnière dans la conception de solutions permettant de mieux reproduire et réutiliser les pipelines d’analyse bioinformatique.
Cette présentation passera en revue les éléments actuels des solutions permettant de concevoir des pipelines d’analyse FAIR, présentera les résultats obtenus dans le cadre du projet ShareFAIR (PEPR Santé Numérique) et abordera les défis posés par ce domaine et les opportunités de recherche qui subsistent à l’interface entre l’algorithmique des graphes, les bases de données et l’exploration de textes.
Biographie :
Sarah Cohen-Boulakia est professeure titulaire à l’Université Paris-Saclay. Elle est membre senior de l’IUF. Elle travaille depuis vingt ans au sein de groupes multidisciplinaires réunissant des informaticiens, des biologistes et des médecins de divers domaines. Ces dernières années, elle a animé plusieurs groupes de travail sur la reproductibilité des expériences scientifiques.
Les domaines d’expertise de Mme Cohen-Boulakia en matière de recherche comprennent la provenance dans les systèmes de flux de travail scientifiques, la reproductibilité des expériences scientifiques, l’intégration, l’interrogation et le classement dans le contexte des bases de données biologiques et biomédicales. Elle a reçu la médaille d’argent du CNRS en 2024.
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