The objective of BONSAI is to develop better algorithms and models for biological sequence analysis. This includes the following topics: genome annotation, high throughput sequencing, metagenomics, gene structure, genome structure, noncoding RNA, non ribosomal peptides. From a methodological viewpoint, this research is based on a strong background coming from discrete algorithms, such as stringology and graph theory, index data structures. It also finds its expression in the development of open source software and validation of biological data.
Hélène Touzet
Méthodes de mapping pour de nouvelles données de reads longs permettant l'identification de structure
Algorithmes bioinformatiques pour l'analyse de données de séquençage de troisième génération
Elaboration d'un algorithme de comparaison de structures de biomolécules basé sur des caractéristiques chimiques et biologiques
Méthodes pour la reconstruction du répertoire des transcrits d'un gène à partir de données RNA-seq de 3ème génération
Développement d'algorithmes pour le séquençage de 3ème génération
Structures de données efficaces pour l'indexation des séquences de troisième génération
Nouveaux composants à la périphérie des outils d'assemblages des génomes dong read 02/12/2019
Solutions d'amélioration des études de métagénomique ciblée 23/03/2017
Algorithmique pour l'annotation automatique de Peptides Non Ribosomiques 01/12/2016
Algorithmes bio-informatique pour l'analyse de données de séquençage à haut débit 11/12/2013
Comparaisons de séquences biologiques sur architecture massivement multi-coeurs 21/12/2012
Prediction and pattern matching algorithms for RNA multi-structures 16/11/2011
De nouvelles méthodes pour l'alignement des séquences biologiques 10/12/2010
Mise en place d'une plate-forme logicielle pour l'analyse des peptides non-ribosomiaux. 08/09/2009
Classification d'ARN codants et d'ARN non-codants 30/03/2009
Matrices score-position, algorithmes et propriétés 04/07/2008
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