MSV

Bonsai team

Algorithms for large-scale sequence analysis

Leader: Hélène Touzet

PRESENTATION MEMBERS THESES PUBLICATIONS

Presentation

The objective of BONSAI is to develop better algorithms and models for biological sequence analysis. This includes the following topics: genome annotation, high throughput sequencing, metagenomics, gene structure, genome structure, noncoding RNA, non ribosomal peptides. From a methodological viewpoint, this research is based on a strong background coming from discrete algorithms, such as stringology and graph theory, index data structures. It also finds its expression in the development of open source software and validation of biological data.

Quentin Bonenfant

Algorithmes bioinformatiques pour l'analyse de données de séquençage de troisième génération

Pierre Guyomard

Elaboration d'un algorithme de comparaison de structures de biomolécules basé sur des caractéristiques chimiques et biologiques

Lilian Marchand

Méthodes pour la reconstruction du répertoire des transcrits d'un gène à partir de données RNA-seq de 3ème génération

Coralie Rohmer

Développement d'algorithmes pour le séquençage de 3ème génération

Les autres équipes du groupe thématique ' MSV '

BioComputing