MSV

Bonsai team

Algorithms for large-scale sequence analysis

Leader: Mikael Salson

PRESENTATION MEMBERS THESES PUBLICATIONS

Presentation

The Bonsai team specializes in the development of algorithms and models for the analysis of biological sequences. Our expertise encompasses a range of application areas, including genome annotation, the analysis of high-throughput sequencing data in genomics, transcriptomics, metagenomics, and pangenomics, as well as gene and genome structure, non-ribosomal peptides, and palaeoproteomics.

Our methods are founded on discrete algorithms, text algorithms, graph theory, index structures, and more. Our efforts manifest in the form of freely distributed software and collaborations across the fields of biology, health, and environmental science.

Members

Permanent

Karl Baltazart

Algorithmes bioinformatiques et modèles évolutifs pour la paléoprotéomique

Thomas Baudeau

Méthodes de mapping pour de nouvelles données de reads longs permettant l'identification de structure

Mathilde Girard

Structures d'indexation distribuées pour la bioinformatique

Pierre Guyomard

Elaboration d'un algorithme de comparaison de structures de biomolécules basé sur des caractéristiques chimiques et biologiques

Lilian Marchand

Méthodes pour la reconstruction du répertoire des transcrits d'un gène à partir de données RNA-seq de 3ème génération

Igor Martayan

Représentation d'ensemble de k-mers préservant la localité

Léa Vandamme

Structures de données efficaces pour l'indexation des séquences de troisième génération

Les autres équipes du groupe thématique ' MSV '

BioComputing