L’objectif principal de l’équipe BONSAI est de développer des algorithmes et des modèles pour l’analyse des séquences biologiques. Cela comprend les domaines d’application suivants : l’annotation des génomes, l’analyse des données de séquençage à haut débit, la métagénomique, la structure des gènes et des génomes, les ARN non-codants, les peptides non ribosomiques. Les méthodes employées viennent de l’algorithmique discrète, empruntant à l’algorithmique du texte, la théorie des graphes, les structures d’index… Ce travail se matérialise par la diffusion de logiciels libres, et la validation sur des données biologiques.