L’objectif principal de l’équipe BONSAI est de développer des algorithmes et des modèles pour l’analyse des séquences biologiques. Cela comprend les domaines d’application suivants : l’annotation des génomes, l’analyse des données de séquençage à haut débit, la métagénomique, la structure des gènes et des génomes, les ARN non-codants, les peptides non ribosomiques. Les méthodes employées viennent de l’algorithmique discrète, empruntant à l’algorithmique du texte, la théorie des graphes, les structures d’index… Ce travail se matérialise par la diffusion de logiciels libres, et la validation sur des données biologiques.
Hélène Touzet
Méthodes de mapping pour de nouvelles données de reads longs permettant l'identification de structure
Elaboration d'un algorithme de comparaison de structures de biomolécules basé sur des caractéristiques chimiques et biologiques
Méthodes pour la reconstruction du répertoire des transcrits d'un gène à partir de données RNA-seq de 3ème génération
Développement d'algorithmes pour le séquençage de 3ème génération
Structures de données efficaces pour l'indexation des séquences de troisième génération
Nouveaux composants à la périphérie des outils d'assemblages des génomes dong read 02/12/2019
Solutions d'amélioration des études de métagénomique ciblée 23/03/2017
Algorithmique pour l'annotation automatique de Peptides Non Ribosomiques 01/12/2016
Algorithmes bio informatique pour l'analyse de données de séquencage à haut débit 11/12/2013
Comparaisons de séquences biologiques sur architecture massivement multi-coeurs 21/12/2012
Algorithmes de prédiction et de recherche de multi-structures d'ARN 16/11/2011
De nouvelles méthodes pour l'alignement des séquences biologiques 10/12/2010
Mise en place d'une plate-forme logicielle pour l'analyse des peptides non-ribosomiaux. 08/09/2009
Classification d'ARN codants et d'ARN non-codants 30/03/2009
Matrices score-position, algorithmes et propriétés 04/07/2008
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