MSV : Modélisation pour les Sciences du Vivant

Équipe Bonsai

Algorithms for large-scale sequence analysis

Responsable: Hélène Touzet

PRÉSENTATION MEMBRES THÈSES PUBLICATIONS

Présentation

L’objectif principal de l’équipe BONSAI est de développer des algorithmes et des modèles pour l’analyse des séquences biologiques. Cela comprend les domaines d’application suivants : l’annotation des génomes, l’analyse des données de séquençage à haut débit, la métagénomique, la structure des gènes et des génomes, les ARN non-codants, les peptides non ribosomiques. Les méthodes employées viennent de l’algorithmique discrète, empruntant à l’algorithmique du texte, la théorie des graphes, les structures d’index… Ce travail se matérialise par la diffusion de logiciels libres, et la validation sur des données biologiques.

Membres

Permanents

Non permanents

Quentin Bonenfant

Algorithmes bioinformatiques pour l'analyse de données de séquençage de troisième génération

Coralie Rohmer

Développement d'algorithmes pour le séquençage de 3ème génération

Les autres équipes du groupe thématique ' MSV '

BioComputing